中國(guó)的三板市場(chǎng)起源于2000年的“股權(quán)代辦轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)”。2000年時(shí)，為了解決主板市場(chǎng)退市公司與兩個(gè)已停止交易的法人股市市場(chǎng)公司的股份轉(zhuǎn)讓問(wèn)題，由中國(guó)證券協(xié)會(huì)出面，新三板創(chuàng)新協(xié)調(diào)部分證券公司設(shè)了代辦股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)，新三板創(chuàng)新即“三板”市場(chǎng)。由于新三板創(chuàng)新在“三板”中掛牌的股票品牌較少，且多數(shù)質(zhì)量較低，新三板創(chuàng)新想要轉(zhuǎn)到主板上市難度極大，因此，很難吸引到投資者，三板市場(chǎng)也因此而多年受冷落。目前，三板市場(chǎng)包括了三類(lèi)企業(yè)股：①歷史遺留問(wèn)題公司，主要指從STAQ、新三板創(chuàng)新NET法人股市場(chǎng)轉(zhuǎn)過(guò)來(lái)的股票；②因?yàn)檫B年虧損、走投無(wú)路而被迫從主板上摘牌的企業(yè)；③2006年初，國(guó)家批準(zhǔn)中關(guān)村科技園區(qū)的高科技企業(yè)在三板市場(chǎng)進(jìn)行交易后掛牌的企業(yè)。前兩類(lèi)企業(yè)目前被統(tǒng)稱(chēng)為“老三板”，而第三類(lèi)即為“新三板”的雛形。新三板的推出，是政府為了給改變中國(guó)資本市場(chǎng)這種柜臺(tái)交易過(guò)于落后的局面，同時(shí)也為了給更多的高科技成長(zhǎng)型企業(yè)提供股份流動(dòng)的機(jī)會(huì)，故于2006年1月16日在北京中關(guān)村科技園區(qū)內(nèi)建立了新的股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)，被正式稱(chēng)為“新三板”層轉(zhuǎn)板。

雖然2006年年初才正式推出新三板，但實(shí)際上的策劃與籌備是在2003年年底便開(kāi)始的，在正式推出時(shí)，新三板的全稱(chēng)為“中關(guān)村科技園區(qū)非上市股份有限公司進(jìn)入證券公司代辦股份轉(zhuǎn)讓系統(tǒng)進(jìn)行股份轉(zhuǎn)讓試點(diǎn)”。新三板正式推出后的第七天，即2006年1月23日，中關(guān)村“世紀(jì)瑞爾”與“北京中科軟”兩家高新技術(shù)企業(yè)進(jìn)入了代辦股份系統(tǒng)掛牌交易，這也標(biāo)志著新三板市場(chǎng)的正式形成。在當(dāng)時(shí)，新三板的各項(xiàng)內(nèi)容都在探索階段，再加上科技園區(qū)、企業(yè)性質(zhì)、融資功能以及投資者身份等多項(xiàng)限制與宣傳力度不足，且覆蓋面僅局限于北京中關(guān)村科技園一個(gè)特定區(qū)域內(nèi)等多項(xiàng)原因，市場(chǎng)對(duì)新三板的認(rèn)識(shí)度不足。這使得在新三板推出以后的長(zhǎng)達(dá)六年的時(shí)間里，其掛牌企業(yè)數(shù)量都較少，這就導(dǎo)致了融資交易的不夠活躍。

為了進(jìn)一步提升新三板服務(wù)中小企業(yè)的直接融資功能，同時(shí)也為了進(jìn)一步完善多層次資本市場(chǎng)體系，2012年8月3日，中國(guó)證券會(huì)宣布，擴(kuò)大非上市股份公司股份轉(zhuǎn)讓試點(diǎn)，并新三板創(chuàng)新相繼與北京、上海、天津、湖北四地的政府簽署了擴(kuò)大新三板試點(diǎn)的合作備忘錄。至此，除中關(guān)村科技園區(qū)以外，上海張江高科技園區(qū)、天津?yàn)I海高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開(kāi)發(fā)區(qū)、武漢東湖新技術(shù)開(kāi)發(fā)區(qū)等四個(gè)高新技術(shù)園區(qū)的企業(yè)，皆可以在新三板掛牌報(bào)價(jià)轉(zhuǎn)讓。在試點(diǎn)期間，擴(kuò)大園區(qū)后的2012年后半年成為新三板最活躍的一年。截至2012年12月31日，新三板創(chuàng)新共計(jì)207家中小企業(yè)掛牌新三板；僅2012年便有105家掛牌——新三板正式贏得了公眾的關(guān)注。