在此階段，中國科技金融主要產(chǎn)生以下變化：首先，原先計劃體制下財政撥款方式發(fā)生變革，開始采用項目競爭式招投標進行項目資金分配。中國科技金融《關(guān)于科學(xué)技術(shù)體制改革的決定》要求對現(xiàn)行科研機構(gòu)財政撥款制度進行改革，中國科技金融對不同類型的科學(xué)技術(shù)采取撥款分類管理制度，中國科技金融逐步使用技術(shù)合同制對原有財政對科研機構(gòu)直接的撥款方式進行替代，通過中國科技金融科學(xué)基金制度對基礎(chǔ)性研究等科技活動提供資助。這一改革措施旨在促使預(yù)算約束強硬化并促進技術(shù)產(chǎn)業(yè)化。中國科技金融為貫徹《關(guān)于科學(xué)技術(shù)體制改革的決定》，1986年國務(wù)院頒布《關(guān)于科學(xué)技術(shù)撥款管理暫行規(guī)定》，該規(guī)定將科研機構(gòu)按照活動類型分為技術(shù)開發(fā)類、基礎(chǔ)研究類、公益事業(yè)類和混合類，對不同類型科研機構(gòu)分別采用全額撥付、差額撥付等不同方式予以資助，并對競爭性科研項目采用招投標制和合同制進行了有益探索。財政科技撥款體制改革推動了對財政投入機制方式的探索，加快了企業(yè)類及混合類科研機構(gòu)尋找新研發(fā)資金來源的進程。其次，成立國際自然科學(xué)基金委員會，以科學(xué)基金項目方式對基礎(chǔ)性科研工作進行資助。

1984年，國務(wù)院科技領(lǐng)導(dǎo)小組組成科技體制改革調(diào)查小組，對我國基礎(chǔ)研究、應(yīng)用研究現(xiàn)狀特征、問題以及改革方向等問題進行調(diào)研，提出“盡快建立國際自然科學(xué)基金和成立相應(yīng)委員會”的建議。1986年，國務(wù)院決定成立國家自然基金委員會，將其職責(zé)定位為“根據(jù)國家發(fā)展方針、政策和規(guī)劃，有效運用科學(xué)基金，中國科技金融指導(dǎo)、協(xié)調(diào)基礎(chǔ)研究和部分應(yīng)用研究工作”。1988年，國務(wù)院發(fā)文決定，國家自然科學(xué)基金委員會享受國務(wù)院直屬局待遇，由國家科委歸口管理。2000年，國家自然科學(xué)基金委員會被劃歸為國務(wù)院直屬事業(yè)單位。國家自然科學(xué)基金現(xiàn)已成為基礎(chǔ)研究領(lǐng)域的主要資金支持力量，對國家創(chuàng)新體系構(gòu)建具有重要作用。再次，引入科技信貸金融工具�！蛾P(guān)于科學(xué)技術(shù)體制改革的決定》提出“銀行要積極開展科學(xué)技術(shù)信貸業(yè)務(wù)”，同時1985年起，中國銀行業(yè)開始實施“統(tǒng)一計劃、劃分資金、實貸實存、相互融通”的信貸管理體制，鼓勵商業(yè)銀行間展開同業(yè)拆借，中國科技金融促進資金橫向調(diào)劑。在此背景下，1985年國務(wù)院發(fā)布《關(guān)于積極開展科技信貸的聯(lián)合通知》，標志著科技信貸金融工具引入中國科技金融體系，改變了科技金融單一依靠財政撥款的運行模式，中國科技金融有效緩解了以往科技成果轉(zhuǎn)化階段資金供給不足問題。最后，成立公共風(fēng)險投資公司對科技企業(yè)發(fā)展提供支持。在積極探索科技金融發(fā)展過程中，創(chuàng)業(yè)風(fēng)險投資理念開始流入中國。

1985年《關(guān)于科學(xué)技術(shù)體制改革的決定》首次提出利用風(fēng)險投資方式對科技產(chǎn)業(yè)發(fā)展進行支持。1985年，國務(wù)院批復(fù)成立中國第一家公共風(fēng)險投資公司“中國新技術(shù)創(chuàng)業(yè)投資公司”。國家科學(xué)技術(shù)委員會和財政部是公司主要發(fā)起股東，初始資本1000萬美元。該公司成立初始目的是配合“火炬計劃”實施，其中國科技金融對高科技產(chǎn)業(yè)及國家科技委員會擬定主導(dǎo)產(chǎn)業(yè)的投資，主要為配合國家政策，不追求經(jīng)濟效益，帶有濃厚行政色彩，而對國家政策外項目投資則以盈利為主要目的，中國科技金融以抵償非盈利項目運營產(chǎn)生的成本。1998年，該公司因違規(guī)炒作房地產(chǎn)和期貨被中國人民銀行終止金融業(yè)務(wù)。由于缺乏必要投資退出渠道，中國新技術(shù)創(chuàng)業(yè)投資公司在風(fēng)險投資非盈利目標和現(xiàn)實盈利需要之間存在的目標沖突是其最終失敗的主因。